A Nyíregyházi Egyetemen tíz tudományterülethez kapcsolódva 28 tudományágban folyik kutatási tevékenység, mely lefedi az oktatott képzési területek és képzési ágak, szakok teljességét. Az intézményben folytatott intenzív kutatómunka országos viszonylatban is kiváló, melyet a több, mint 67%-os oktatói minősítettség és a kiemelkedő publikációs tevékenység is igazol (lásd: MTMT). A stratégiailag fontos kutatási területek a szociológiai tudományok, a természettudományos, a műszaki és az informatikai tudományok, a környezettudományok, az agrártudományok, a gazdaságtudományok és a neveléstudományok.
Az élettelen természettudományok és matematika területén a matematikai tudományokban a diadikus harmonikus analízis, az additív függvények, derivációk, középértékek elmélete, konkáv és konvex sorozatok, IoT technológiák, formális nyelvek és automaták területén folynak kutatások, illetve könyvtári informatikai innovációk (StartUp a könyvtárban) zajlanak. A műszaki tudományokban a műanyag- és fém alapú additív gyártási technológiák fejlesztése, valamint ún. UL-típusú helikopterek vizsgálata áll a középpontban. Az agrárműszaki területen kiemelkednek a zöldség- és gyümölcsfélék szárításával kapcsolatos technológiai és műszaki fejlesztések (vákuumszárítás, liofilizálás, infravörös fagyasztva szárítás). Kémiai tudományokban a környezetanalitika területén folynak analitikai fejlesztések, kutatások. Az Agrár és Molekuláris Kutató és Szolgáltató csoport keretében funkcionális élelmiszerekkel, antioxidánsokkal kapcsolatos alkalmazott kutatások folynak, amelyek révén új élelmiszeripari termékek fejlesztése történt meg. A földtudományok területén társadalomföldrajzi (történeti földrajzi régiók - Felföld, Bánság, Nagyalföld - komplex vizsgálata, a nagyvárosokban és a Nyírség tanyáin zajló társadalmi-gazdasági folyamatok feltárása), illetve természetföldrajzi kutatások (a Felső-Tisza-vidék geomorfológiai fejlődéstörténetének vizsgálata) folynak.
Az élő természettudomány területén az agrártudományokban jelentős kutatási eredmények születtek a fenntartható tápanyag-gazdálkodás, az energianövények tápanyag-ellátása, a toxikus elemekkel szennyezett talajok fitoremediációja, valamint a tájjellegű növények termesztéstechnológiáinak kidolgozása területén. A sport- és egészségtudományokban a testnevelés és sport társadalmi és egészségtudományi hatásaira vonatkozóan folynak hazai és nemzetközi szintű multidiszciplináris kutatások. A kutatások fókuszában a testnevelés tantárgy pedagógiai kérdései, az egészségmagatartás, a humánkineziológia, valamint a versenysport állnak. A biológiai tudományokban az evolúcióbiológia, az ökológia, a biodiverzitás-monitorozás, valamint a humánbiológia területén folynak nemzetközileg is ismert kutatások.
A humán- és társadalomtudományok területén a nyelv- és irodalomtudományokban az ukrán-magyar irodalmi kapcsolatok és szókölcsönzések, a modernista angol próza, a társadalmi és kulturális tőke hatása az idegennyelv-tanulásra, az angol-magyar idiómák, az Árpád-kori földrajzi neveink etimológiai vizsgálata, a kétnyelvűségi hatások és nyelvjárási jelenségek vizsgálata kárpátaljai magyarok körében, a hely- és személynevek, valamint a neologizmusok hálózatos rendszerének témáiban folynak a kutatások. A zenetudományban jellemzően zenepedagógiai, szakmódszertani, illetve néprajzi, kultúrtörténeti kutatások zajlanak. A művészeti területen kiemelt fontosságú a határon túli kortárs magyar képző- és iparművészet helyzetének, a posztbizánci művészet kelet- és közép-európai megnyilvánulásainak, illetve a kortárs festészetnek a kutatása. A történettudományokban Partium-történeti kutatások és a modernkori politikai, vallási szélsőségek, a nemzetközi terrorizmus különböző aspektusainak vizsgálata folyik. A neveléstudományokban a hátrányos helyzet, az iskolai egyenlőtlenségek újratermelődésének, az integrált oktatás modelljének és megvalósíthatóságának kérdésköre van a vizsgálatok fókuszában, valamint az iskolai erőszak, az internetes zaklatás és agresszió témakörében folynak kutatások.
A gazdaságtudományok területén belül a kutatómunka elsősorban a verseny- és civilszféra szervezeteiben végbemenő változásokra, a regionalizációra és térszerkezet vizsgálatra a lokális, szubregionális és makroszintű folyamatokban, az okos városra, a zöldkereskedelemre, és a logisztikai összefüggések térségi szintű vizsgálatára irányulnak.